Les ferments sont des ingrédients alimentaires. Comme tous les ingrédients utilisés en alimentation humaine, les ferments doivent respecter la règlementation européenne dont le premier principe est d'assurer un niveau élevé de sécurité aux consommateurs.
Ils doivent donc répondre aux exigences générales de la législation alimentaire (règlement 178/2002) : être sûrs, être fabriqués dans le respect des règles de traçabilité, de qualité microbiologique et d'hygiène (règlements 852/2004 et 853/2004).
Si une entreprise souhaite communiquer sur les bénéfices santé spécifiques d'un ferment, elle doit d'abord obtenir l'autorisation pour l'allégation de santé, conformément au règlement 1924/2006.

Le choix du ferment dépend des caractéristiques du ferment, de la matrice alimentaire et du procédé de fabrication.
Il peut aussi exister des règles particulières :

• les codes des usages, qui fixent la liste des ingrédients autorisés dans la fabrication d'une denrée.
  A titre d'exemple, le code des usages de la charcuterie, de la salaison et des conserves de viandes, commun aux artisans et aux industriels, précise ainsi que les ferments peuvent être utilisés dans la fabrication du jambon.
• le décret « laits fermentés et yaourt/yoghourt » ( décret 88-1203) : il précise qu'en France seuls deux ferments peuvent être ajoutés dans la fabrication des yaourts : Streptococcus thermophilus et Lactobacillus bulgaricus. Si on utilise d'autres ferments, alors la dénomination de l'aliment n'est plus « yaourt » mais « lait fermenté ».
• le décret « fromages et spécialités fromagères » ( décret 2007-628) : il indique les ingrédients autorisés dans la fabrication des fromages, fromage blanc, bleu, spécialité fromagère, fromage fondu.
• les cahiers des charges des produits sous signe de qualité. A titre d'exemple, le cahier des charges de la Rigotte de Condrieu autorise dans la fabrication de ce fromage les ferments lactiques et les ferments d'affinage.

Par ailleurs, si le ferment n'était pas consommé, de façon significative, avant le 15 mai 1997 dans l'Union européenne, alors il répond à la définition du « novel food ». Un dossier de demande d'autorisation doit être déposé, en application du règlement 258/97.
A ce jour, on compte deux autorisations de ferments « novel food » :

• Clostridium butyricum, utilisé comme ingrédient alimentaire dans des compléments alimentaires
• Des produits laitiers traités thermiquement fermentés avec Bacteroides xylanisolvens

Si on utilise un ferment comme source de vitamine et de minéral, c'est-à-dire comme « ingrédient santé », alors la forme de la vitamine ou du minéral doit être autorisée. Ainsi la levure enrichie en sélénium est une forme autorisée de sélénium.

La profession laitière a initié, au niveau international, un répertoire des ferments utilisés dans le secteur laitier.
Dans un second temps, les travaux ont été élargis à d'autres domaines d'application : http://www.fil-idf.org/Public/Publication.php?ID=39272&ajax=true
Cette liste n'est pas exhaustive dans la mesure où tous les microorganismes impliqués positivement dans les aliments fermentés n'ont pas encore tous été répertoriés dans le monde.

Non. QPS est l'acronyme de Qualified Presomption of Safety ou présomption d'innocuité.
A l'origine, l'approche QPS a été mise en place par l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) en appui à l'évaluation scientifique des additifs pour l'alimentation animale, en application du règlement européen 1831/2003. Le but est d'harmoniser l'évaluation des risques et de permettre aux évaluateurs des risques de se concentrer sur les agents biologiques qui présentent les incertitudes ou les risques les plus importants et non d'évaluer l'ensemble des microorganismes. L'EFSA a publié une liste de microorganismes QPS. Ainsi si une entreprise utilise un microorganisme de cette liste pour fabriquer un additif pour l'alimentation animale, alors les données à fournir sont moindres.
En alimentation humaine, la liste QPS n'a pas vocation à décider si un ferment est sûr ou non, ou s'il peut être commercialisé. Il est tout à fait possible d'utiliser dans la fabrication des denrées alimentaires des microorganismes qui ne sont pas inscrits sur la liste QPS de l'EFSA. Ainsi Penicillium roquefortii n'y figure pas. Cela n'empêche personne de consommer du Roquefort, et ce depuis plusieurs siècles !

Oui. Les ferments sont des ingrédients alimentaires. Dans la liste des ingrédients, il est généralement indiqué « ferments », ou le nom générique comme « bactéries lactiques », ou le nom latin « Bifidobacterium ».
Toutefois pour certaines denrées, il n'est pas obligatoire d'étiqueter la liste des ingrédients, comme pour le vin, les fromages, le beurre, la crème (article 19 du règlement 1169/2011). Dans ces cas, l'utilisation des ferments n'est pas mentionnée.